Cò quăm vai trắng được coi là một trong những loài chim bị đe dọa nhiều nhất ở Đông Nam Á.[3] Các mối đe dọa lớn nhất đối với các quần thể của loài này là chuyển đổi môi trường sống như thoát nước đất ngập để phát triển nông nghiệp như trồng rừng, phát triển nông thôn không bền vững, thay đổi quản lý đất đai thông qua nhượng đất và phát triển cơ sở hạ tầng.[7][16][23] Ví dụ, trong trường hợp cuối cùng, các quần thể phụ tương đối lớn ở Khu bảo tồn Động vật Hoang dã Lomphat và tại đoạn không được bảo vệ của sông Mekong có thể bị đe dọa bởi các con đập được đề xuất và xâm phạm khu định cư của con người.[7] Khu bảo tồn động vật hoang dã Lomphat cũng là một khu vực điển hình bị đe dọa đặc biệt bởi việc nhượng đất kinh tế, qua đó việc phát triển rộng rãi có thể làm giảm đáng kể môi trường sống thích hợp cho loài vật.[27]

Phần lớn các cá thể chim chóc được điều tra ở Campuchia (nơi có số lượng quần thể lớn nhất được biết đến) trong mùa mưa (khoảng 3/4) đã được phát hiện ở bên ngoài các khu bảo tồn, cho thấy sự chênh lệch đáng tiếc về không gian giữa các khu nuôi nhốt quan trọng và các khu bảo tồn này.[18] Điều này có thể là do hầu hết các khu bảo tồn nằm xa khu định cư của con người; và do bản chất phụ thuộc của cò với con người (phụ thuộc vào con người để tạo ra các sinh vật thích hợp),[16] loài chim này có khả năng xuất hiện tương đối gần với các khu dân cư;[16][10] theo đó sự phụ thuộc của nó với con người cũng có thể khiến nó dễ bị săn bắt hơn.[10] Việc phát triển các loài cò quăm vai trắng gần hoặc bên trong Các khu nhượng quyền kinh tế có thể sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng do mất môi trường kiếm ăn và do khai thác của con người.[17]

Hơn nữa, quần thể sinh sống ở sông Mekong có thể đặc biệt dễ bị tổn hại bởi sự khai thác của con người bởi việc sử dụng rừng ven sông và rừng cạn ở khu vực này của những con cò quăm vai trắng,[15] do đó có thể phải tiếp xúc với nhiều hoạt động khai thác tổ của con người hơn (các mục đích khai thác khác nhau trong rừng nội địa, và ngư dân trên sông).[15] Loài cò này cũng có thể cạnh tranh với con người trong quá trình thu hoạch cá chình lưỡng cư và đầm lầy vào mùa khô.[16]

Bên cạnh việc mất môi trường sống trực tiếp thông qua quy hoạch đất, môi trường sống của cò quăm vai trắng cũng có thể bị đe dọa gián tiếp thông qua cơ giới hóa nông nghiệp hiện đại để thay thế việc nuôi động vật móng guốc truyền thống ăn cỏ và giẫm đạp lên thảm thực vật bên dưới và đất ngập trong bùn để duy trì rừng và hồ nước theo mùa, những nhân tố quan trọng trong việc kiếm ăn của loài chim này.[23][16] Những thay đổi nông nghiệp có khả năng gây bất lợi có thể được thúc đẩy bởi lợi nhuận ngày càng tăng của canh tác cơ giới hóa.[16] Giả thuyết liên quan đến tầm quan trọng của động vật móng guốc đối với loài cò trong việc tạo ra môi trường sống thích hợp[20] đã được tiết lộ trong các thí nghiệm cho thấy độ cao và độ che phủ của thảm thực vật tăng lên ở nơi hàng rào để ngăn động vật móng guốc so với không có hàng rào.[16][20] Do đó, sự suy giảm rõ rệt của các phương thức canh tác truyền thống có lợi cho loài cò quăm vai trắng có thể dẫn đến sự phát triển của thảm thực vật bên cạnh các vũng nước ở các khoảng trống, và do đó làm cho các khu vực này không thích hợp để kiếm ăn cho loài chim này.[16] Điều này có thể xảy ra khi cân nhắc về sự tuyệt chủng hoặc sự suy giảm nghiêm trọng của nhiều loài động vật móng guốc hoang dã, những loài đóng vai trò quan trọng trong việc tạo và duy trì môi trường sống của loài chim này, phần lớn đã bị thay thế bởi động vật móng guốc do con người nuôi có chức năng tương đương.[16]

Con người nhân cơ hội khai thác tổ loài chim này để làm thức ăn thông qua việc lấy trứng và con non là một mối đe dọa tiềm tàng khác.[24] Và cho dù được ghi nhận rằng vấn đề khai thác của con người là một nguyên nhân trong sự hỏng tổ chim, con người thường chỉ khai thác tổ vào giai đoạn cuối trong quá trình làm tổ; và do hầu hết các trường hợp hỏng tổ đều được ghi nhận là xảy ra trong giai đoạn trứng và giai đoạn đầu làm tổ, nên nguyên nhân có nhiều khả năng xảy ra hơn là bị ăn thịt tự nhiên.[24] Kế hoạch bảo vệ tổ ở Tây Siem Pang đã được thực hiện để điều tra các nguyên nhân chính gây ảnh hưởng trong việc tổ, và không có sự khác biệt đáng kể nào về sự cố làm tổ giữa tổ được bảo vệ và không được bảo vệ; cho thấy rằng các nguyên nhân tự nhiên có nhiều khả năng hơn.[17] Ngược lại, các can thiệp bảo tồn để bảo vệ tổ có thể làm xáo trộn tổ và làm tăng tỷ lệ chết của trứng và tổ. Các kế hoạch bảo vệ tổ như vậy cũng đã phải đối mặt với các vấn đề xã hội.[24]

Một kẻ săn mồi tiềm tàng của loài cò quăm vai trắng non là quạ rừng phía nam Corvus macrorhnchos, từng được quan sát cắp tất cả trứng khi không có bố mẹ, và một con khác ăn thịt một con non mới nở.[24] Loài chim này cũng có thể bị đe dọa bởi các động vật ăn thịt có vú như cầy hương và chồn họng vàng Martes flavigula, mặc dù những kẻ săn mồi như vậy thường chỉ có nhiều ở nơi xa khu vực định cư của con người do áp lực săn bắt đối với những động vật có vú này.[24] Mặc dù khả năng khai thác các tổ gần khu dân cư có tăng lên, những tổ này đồng thời có thể nhận được sự bảo vệ gián tiếp khỏi những kẻ săn mồi.[24] Thời tiết gây ra một mối đe dọa tiềm tàng khác, với một số con non ở Campuchia được báo cáo là bị gió lớn thổi bay khỏi tổ.[15]

Quần thể người da trắng trên sông Mahakam ở Đông Kalimantan đã bị ảnh hưởng nghiêm trọng do cháy rừng gây ra trong đợt El Nino phương Nam dao động giữa những năm 1990.[26] Bên cạnh tình trạng chính là mất môi trường sống thích hợp, đám cháy cũng có thể dẫn đến gia tăng xói mòn bờ sông do ít cây hơn, giảm độ trong của nước và thay đổi mô hình nhiệt độ nước thông qua ít nhánh sông hơn; tất cả những điều đó có thể đã ảnh hưởng đến khả năng kiếm ăn của chim trên các bãi sông và đất sỏi.[26]